Inhalt

• Inhalt
• Einleitung
  • Allgemeines
  • Datenmaterial für phylogenetische Untersuchungen
  • Erbgut und Evolution
  • Phylogenie
    • Phylogenetische Stammbäume
    • Evolutionsmodelle
    • Phylogenetische Methoden
  • Parallele Computerplattformen und Parallelrechnen
  • Stammbaum des Lebens, Crown Group Radiation und Plastidenentstehung
  • Mutationsraten und Molekulare Uhren
  • Ribosomale RNA und Stammbaumrekonstruktion
  • Entwicklung der Aktingene
• Zielsetzung
• Material und Geräte
  • Datenmaterial
    • Datensätze zur Laufzeituntersuchung
    • Aktinsequenzen
    • Eukaryotische 18S rRNA-Sequenzen
    • 16S rRNA-Sequenzen aus Plastiden/Bakterien
  • Benutzte Software
    • fastDNAml
    • PHYLIP
    • treetool
    • MacClade
    • PARMACS
  • Geräte
    • Workstations und Workstationcluster
    • Parallelrechner
• Methoden, Modelle und Algorithmen
  • Modellierung evolutionärer Prozesse
    • Markov-Prozesse
    • Generalisiertes 2-Parameter-Modell
  • Die Maximum-Likelihood-Methode zur Rekonstruktion von Stammbäumen
    • Berechnung des Likelihood-Wertes eines Baumes
    • Das Pulley-Prinzip
    • Finden der optimalen Kantenlängen
    • Suche nach dem optimalen Baum
  • Erstellen von gewichteten Datensätzen
  • Bootstrap-Verfahren
• Parallelisierung und Laufzeituntersuchung
  • Ergebnisse
    • Implementierung
      • ANSI-C-Portierung und Strukturierung von fastDNAml
      • Struktur von fastDNAml
      • Allgemeine Struktur des Parallelprogramms
      • Struktur des Master-Prozesses
      • Struktur des Slave-Prozesses
      • Hilfsprogramme und Rechnerplattformen
    • Untersuchungen des Laufzeitverhaltens
  • Diskussion
    • Speedup und Skalierbarkeit
    • Parallelisierungskonzept
• Untersuchung der Crown Group Radiation
  • Ergebnisse
    • Aktinentwicklung
      • Analyse der ersten beiden Codon-Positionen
      • Analyse mit allen Sequenzstellen
      • Gewichtete Analyse mit allen Sequenzstellen
    • Plastidenentwicklung
      • Datensatz plast1
        • Analyse mit ungewichtetem Datensatz
        • Analyse mit gewichtetem Datensatz
      • Datensatz plast2
        • Analyse mit ungewichtetem Datensatz
        • Analyse mit gewichtetem Datensatz
    • Eukaryotenentwicklung
      • 18S rRNA
      • Aktin
  • Diskussion
    • Bewertung von Bootstrap-Analysen
    • Gewichtung von Alignments
    • Maximum-Likelihood-Methode
    • Entwicklung der Aktingene
    • Plastidenentwicklung
    • Entwicklung der plastidentragenden Eukaryoten
• Zusammenfassung und Ausblick
  • Zusammenfassung
  • Ausblick
• pfastDNAml (Bedienungsanleitung und Beschreibung)
  • Allgemeines
  • Programmaufruf
  • Format der Eingabedaten
  • Ausgabedateien
  • Installation
  • Quellcodestruktur
    • Das pfastDNAml-Modul
    • Das beststr-Modul
    • Das besttree-Modul
    • Das fileinput-Modul
    • Das strinput-Modul
    • Das loadfile-Modul
    • Das misc-Modul
    • Das pmdispatch-Modul
    • Das pm_reqnodes-Modul
  • Hilfsprogramme für verschiedene Parallelplattformen
• Glossar
• Abkürzungen
• Literatur