Hilfsprogramme und Rechnerplattformen

Das oben beschriebene Parallelisierungskonzept wurde auf einer Workstation umgesetzt und lauffähig gemacht. Danach wurde die Entwicklungsplattform gewechselt und auf einer IBM SP2 mit 34 Knoten weitergearbeitet. Die kleinen systembedingten Anpassungen gestalteten sich problemlos.

Dann wurden die durch das Programm gelieferten Ergebnisse anhand verschiedener Testdatensätze mit den Ergebnissen der sequentiellen fastDNAml-Version verglichen. Hierbei ergaben sich bis auf kleine Rundungsfehler in den hinteren Nachkommastellen des Likelihood-Wertes der gefundenen Bäume keine Unterschiede. Die gefundenen Fehler waren aufgrund der unterschiedlichen Rechnertypen sowie durch das Runden des Likelihood-Wertes beim Versenden des Baumes vom Slave- an den Master-Prozeß zu erwarten.

Anschließend wurde die Applikation auf eine NEC Cenju-3 mit 64 Knoten portiert. Auch diese Portierung gelang ohne größere Anpassungen im Quellcode von pfastDNAml. Bei der Cenju-3 handelt es sich um einen wie auf Seite  beschriebenen Rechnertyp, der nur ein einzelnes ausführbares Programm auf alle angeforderten Knoten verteilen kann.

Zur Vereinfachung der Handhabung des Programms auf den unterschiedlichen Rechnerplattformen wurden Skripten entwickelt, die im Anhang (Seite ) beschrieben sind. In ersten Linie handelt es sich hierbei um Shellskripten für Bourneshell-kompatible Shells (Frisch, 1991) oder Kornshells (Rosenblatt, 1993), aber einige wurden auch in der Skriptsprache perl (Wall and Schwartz, 1991) programmiert.