Programmaufruf

Der bei PHYLIP-Programmen unter UNIX übliche Aufruf

    pfastDNAml < infile > outfile

bleibt für die sequentielle Version von pfastDNAml (sfastDNAml) erhalten. Bei der Parallelversion hängt der Aufruf, wie oben erwähnt, von der zugrundeliegenden Plattform und der darauf verwendeten Software ab. Um diese Aufrufe zu vereinfachen, existieren für die Plattformen, die mir während meiner Arbeit zur Verfügung standen, Shellskripten, die im allgemeinen als Parameter nur noch das Eingabefile und, falls dies notwendig ist, die Anzahl der gewünschten Prozessoren übergeben bekommen. Diese Skripten sind auf Seite f beschrieben und können mit wenig Aufwand für andere Systeme angepaßt werden. Weitere Instruktionen über den Aufruf von Programmen, die mit PARMACS parallelisiert wurden, findet man in den systemspezifischen Beschreibungen, die mit den PARMACS-Bibliotheken mitgeliefert werden.

Wird PARMACS Version 6.1 oder eine spätere Version verwendet, benötigt pfastDNAml keine weiteren Angaben über die Anzahl der gestarteten Parallelprozesse, da diese selbstständig erkannt werden. Bei Benutzung von Version 6.0 muß die Anzahl in einer der beiden Umgebungsvariablen PFAST_NODES oder MP_PROCS an das Programm übergeben werden. Bei den bereitgestellten Shellskripten wird dieses automatisch getan.

Falls dies auf dem benutzten System möglich ist, kann die Eingabedatei direkt über die Standardeingabe, wie oben beschrieben, an das Programm weitergegeben werden. Es gibt allerdings Systeme, wie z.B. die IBM SP2, bei denen die Standardeingabe hierfür nicht zur Verfügung steht, da sie beim Starten der Paralleljobs durch andere Programme verwendet wird. In diesen Fall muß der Name der Eingabedatei über die Umgebungsvariable PFAST_INFILE an das Programm übermittelt werden. Die Umgebungsvariable sollte den vollständigen globalen Pfad enthalten, da anderenfalls vor allem bei Batchjobs Probleme beim Auffinden der Eingabedaten auftreten können. Auch dieses Problem wird im allgemeinen durch die Benutzung der zur Verfügung gestellten Skripten umgangen, da hier verschiedene Fehlermöglichkeiten abgefangen werden.