Analyse mit ungewichtetem Datensatz

Im zweiten Plastiden-Datensatz wurden die drei Spezies Corethron criophilum (Heterokontophyta), Prochlorococcus  sp. und Prochloron didemni (Cyanobakterien) durch andere ersetzt. Zum einen wurde die Jochalge Chara  sp. zugefügt, die Organisationsformen aufweist, die an Pflanzen erinnern. Hierdurch sollten die Verwandtschaftsverhältnisse zwischen höherentwickelten Grünalgen und Pflanzen etwas näher beleuchtet werden. Außerdem wurde ein ursprünglicheres Cyanobakterium Gloeobacter violacius eingefügt, um in den Bereich der Wurzel des Plastidenastes eine bessere Auflösung zu bringen und die Auswirkungen auf die berechneten Abzweigungen von Cyanellen und Chloroplasten zu studieren. Zusätzlich wurde eine weitere Sequenz aus Rhodoplasten von von Corethron criophilum hinzugefügt.

Diesmal gab es 1393 alignierte Spalten im Alignment, von denen 730 unterschiedliche Spalten durch pfastDNAml zur Stammbaumrekonstruktion verwendet wurden. Solche Veränderungen der Anzahl der alignierten Spalten ergeben sich daher, daß die verschiedenen rRNA-Sequenzen an den Enden länger oder kürzer sind als andere.

Aus den Basenfrequenzen 0,266 (A), 0,219 (C), 0,305 (G) und 0,210 (T) wurde als Transition/Transversions-Parameter 1,455 berechnet.

Nach sechs globalen Rearrangements (je 4290 Bäume) und insgesamt 28526 untersuchten Bäumen wurde einer mit einem Log-Likelihood-Wert von -18016,00 gefunden (Abb. 6.12).

 

Abbildung:   Phylogenetischer Stammbaum der Plastidenentwicklung; konstruiert aus 16S rRNA-Sequenzen (Datensatz plast2 ) mittels pfastDNAml; nur Bootstrap-Werte über $60\%$ wurden an den entsprechenden Kanten eingefügt

Anhand dieses Datensatzes wurde eine Bootstrap-Analyse mit 100 gezogenen Pseudostichproben durchgeführt. Die Bootstrap-Werte, die $60\%$ überschreiten, sind auch in Abb. 6.12 dargestellt.