Aktin

 

Abbildung:   Phylogenetischer Stammbaum der Eukaryotenentwicklung; berechnet aus Aktinsequenzen mit pfastDNAml unter Benutzung der Codon-Positionen 1 und 2

Neben dem oben beschriebenen 18S rRNA-Datensatz wurde noch ein zweiter Datensatz aus Aktinsequenzen erstellt, um an diesem die Nutzbarkeit von Aktin zur Untersuchung der Plastidenentwicklung zu überprüfen. Hierfür wurden neben anderen Linien vor allem Vertreter aus allen bisher schon untersuchten Organismengruppen mit einfachen Plastiden (Glaucocystophyta, Rotalgen, Grünalgen und Pflanzen) ausgewählt.

Der benutzte Datensatz enthielt 46 Organismen mit einem Alignment von 744 Spalten. Auch hier wurden nur die ersten beiden Codon-Positionen der Aktinsequenzen verwendet. Von diesen 744 Spalten zog pfastDNAml 394 zur Analyse heran.

Die empirisch ermittelten Basenfrequenzen waren 0,294 (A), 0,221 (C), 0,258 (G) und 0,227 (T). Hieraus ergab sich ein Transition/Transversions-Parameter von 1,4786. Nach vier globalen Rearrangement mit je 7310 Bäumen und ingesamt 33764 untersuchten Bäumen wurde ein Stammbaum (Abb. 6.16) mit Log-Likelihood-Wert -9228,87 gefunden.