18S rRNA

Für die Untersuchung der Eukaryotenentwicklung wurden aus dem vorhandenen 18S rRNA-Alignment eine Teilmenge ausgewählt.

Diese Auswahl geschah so, daß alle in der Untersuchung der Plastidenentwicklung wichtigen Organismenlinien vertreten sind, die Zahl der Organismen aber dennoch eine Bootstrap-Analyse zuläßt. Der erstellte Datensatz enthält 36 Spezies mit einem Alignment über 1565 Sequenzstellen, von denen 802 zur Berechnung des Baumes genutzt wurden.

Bei der Erstellung des Baumes (Abb. 6.15) wurden 11622 Bäume untersucht und zwei globale Rearrangements mit je 4290 Bäumen durchgeführt. Es wurden die Basenfrequenzen 0,270 (A), 0,198 (C), 0,265 (G) und 0,266 (T) und der Transition/Transversions-Parameter 1,5068 empirisch aus den Datenmaterial berechnet. Der Log-Likelihood-Wert des Baumes ist -21932,35.

 

Abbildung:   Phylogenetischer Stammbaum der Eukaryotenentwicklung; konstruiert aus 18S rRNA-Sequenzen mittels pfastDNAml; nur Bootstrap-Werte über $60\%$ wurden an den entsprechenden Kanten eingefügt

Zu dem Baum wurde anschließend eine Bootstrap-Analyse anhand von 100 Pseudostichproben aus dem Datensatz durchgeführt. Im Konsensusbaum gefundene Bootstrap-Werte über $60\%$ wurden in Abb. 6.15 an den entsprechenden Kanten eingefügt.