Da pfastDNAml auf dem Programm fastDNAml (Olsen et al., 1994a,b) und damit auf dnaml (Felsenstein, 1981, 1990) basiert, bleiben die Eigenschaften bezüglich der Bedienung, vor allem aber das Eingabeformat, sehr ähnlich zu denen bei anderen PHYLIP-Programmen. In erster Linie ändert sich der Aufruf des Programms in Abhängigkeit von der zugrundeliegenden Parallelplattform und der dort benutzten Software zur Verteilung der Einzelprogramme auf die einzelnen Prozessoren.