Hilfsprogramme für verschiedene Parallelplattformen

  Zur leichteren Bedienung von pfastDNAml auf verschiedenen Parallelsystemen wurden Shellskripten angefertigt, die das Starten von Parallel-Jobs, aber auch sequentiellen Programmläufen erleichtern.

Solche Skripten existieren für folgende Plattformen:

1.

Workstation-Cluster

• WSi_pfastdnaml <input file> <nodes>

  startet einen Paralleljob mit nodes Prozessen (Master + Slaves). Der Job benutzt hierbei input file als Eingabedaten. Es wird ein interaktiver Job gestartet.

• SEQi_pfastdnaml <input file>

  startet einen interaktiven, aber sequentiellen Job mit input file als Eingabedaten.

2.

IBM SP2 mit EASY als Schedulingsystem

• EASY_USb_pfastdnaml <input file>

  startet einen Paralleljob auf den mittels spsubmit (EASY) bestellten Prozessoren mit input file als Eingabedaten.

• EASY_USb_pfastdnaml_dir <input dir>

  funktioniert wie EASY_USb_pfastdnaml, nutzt aber alle in input dir befindlichen Dateien der Reihe nach als Eingabe.

• EASY_USb_pfastdnaml_dirmv <input dir>

  funktioniert wie EASY_USb_pfastdnaml_dir, legt aber alle bearbeiteten Dateien in einem Unterverzeichniß done ab.

• EASY_USi_pfastdnaml <input file>

  startet einen Paralleljob in einer mittels spsubmit (EASY) bestellten interaktiven Sitzung. Wieder wird input file als Eingabe benutzt.

• EASY_USb_sfastdnaml <input file>

  funktioniert wie EASY_USb_pfastdnaml, startet aber ein sequentielles sfastDNAml.

• EASY_USi_sfastdnaml <input file>

  startet interaktiv ein sequentielles sfastDNAml. Funktioniert sonst wie EASY_USi_pfastdnaml.

3.

NEC Cenju 3 (ohne Scheduling)

• CJb_pfastdnaml <input file> <nodes>

  legt einen Batchjob für nodes Prozessoren in der Queue ab. input file ist Eingabedatei.

• CJi_pfastdnaml <input file> <nodes>

  legt einen interaktiven Job für nodes Prozessoren in der Queue ab. input file ist Eingabedatei.