Analyse der ersten beiden Codon-Positionen

 

Abbildung:   Phylogenetischer Stammbaum der Aktinentwicklung; berechnet mit pfastDNAml unter Benutzung der Codon-Positionen 1 und 2

Da die dritte Base der Codons der Aktingene sehr variabel ist, wird diese Base bei phylogenetischen Analysen normalerweise außeracht gelassen. Der G+C-Gehalt an dieser Position bewegt sich bei unterschiedlichen Spezies zwischen $16\%$ und $98\%$ (z.B. Emiliania Huxleyi $98\%$, Entamoeba histolytica $22\%$, Volvox carteri $72\%$). Dagegen beträgt der G+C-Gehalt der anderen Positionen $46\%$-$59\%$ (erste Position) bzw. $38\%$-$43\%$ (zweite Position). Diese Eigenschaften hängen auch nicht mit den einzelnen Gruppen von Spezies zusammen, sondern variieren auch innerhalb der verschiedenen Gruppen. (Bhattacharya and Ehlting, 1995; Bhattacharya et al., 1993)

Aus diesem Grund wurde auch hier ein Stammbaum mit nur den ersten beiden Codon-Positionen der Sequenz konstruiert. Der Datensatz bestand hier aus 51 Spezies mit einem Alignment aus 702 Basen. pfastDNAml benutzte hiervon 485 unterschiedliche Spalten.

Anhand der empirisch errechneten Basenfrequenzen 0,297 (A), 0,222 (C), 0,254 (G) und 0,227 (T) wurde ein Transition/Transversions-Parameter von 1,4807 bestimmt. Es wurden bei der Berechnung des Baumes 96823 verschiedene Bäume betrachtet und 10 globale Rearrangements ausgeführt. Der so gefundene Baum (Abb. 6.1) hat einen Log-Likelihood-Wert von -10585,69.