Gewichtete Analyse mit allen Sequenzstellen

Um zu untersuchen, ob sich mit einer Gewichtung der Sequenzstellen eine bessere Auflösung der Baumtopologie bei Benutzung der dritten Codon-Position erreichen ließe, wurde eine Gewichtung mit 10 Gewichten für den Gesamtdatensatz errechnet. Die prozentuale Verteilung der Basen auf die einzelnen Gewichte ist in Abb. 6.3 aufgezeigt. Aus diesem Datensatz wurde die zweite Sequenz von Daucus carota entfernt, da sich das Alignment dieser Sequenz bei näherer Betrachtung als unsicher herausgestellt hatte.

 

Abbildung:   Verteilung der Basen des Aktindatensatzes auf die 10 Gewichtsgruppen; Gewichtungsfunktion: 1/S; Anzahl Basen: 1053

Der anhand des gewichteten Datensatzes (50 Spezies, 1053 Spalte, davon 810 benutzt) berechnete Baum (Abb. 6.4) hat einen Log-Likelihood-Wert von -36281,56. Die ermittelten Basenfrequenzen sind 0,243 (A), 0,267 (C), 0,257 (G) und 0,233 (T) und der Transition/Transversions-Parameter 1,5054. Bei der Rekonstruktion wurden 76338 Bäume betrachtet und acht globale Rearrangement mit je 8742 Bäumen durchgeführt.

 

Abbildung:   Phylogenetischer Stammbaum aus Aktinsequenzen unter Benutzung aller Codon-Positionen gewichtet mit 10 Gewichtsgruppen; berechnet mit pfastDNAml