Die Untersuchungen und die Bootstrap-Analysen des Datensatzes aus 18S rRNA-Sequenzen aus dem Zellkern verschiedener eukaryotischer Organismen (Abb. 6.15) zeigen zwar, daß sich eine Menge monophyletischer Gruppen entwickelt haben. Die Bootstrap-Werte geben allerdings auch an, daß es nicht möglich ist, eine Aussage über deren genaue Verwandtschaftsverhältnisse untereinander zu treffen. Die Tiere und Pilze werden hier als monophyletische Gruppe bestätigt. Auch die Chlorarachniophyten und die Filose Amöben werden zu einer monophyletischen Gruppe zusammengefaßt.
Den in den Plastiden-Stammbäumen gefundenen Indizien für eine einzige primäre Endosymbiose der einfachen Plastiden widerspricht hier die Ansiedlung der Chlorobionta (Grünalgen und Pflanzen), der Glaucocystophyta und der Rhodophyta in unterschiedlichen Bereichen des Stammbaumes. Da aber die internen Kanten zwischen diesen Gruppen wegen der schlechten Bootstrap-Werte eher zu einer Polytomie zusammengefaßt werden sollten, kann hieraus nur geschlossen werden, daß dieser Bereich des Stammbaumes mit 18S rRNA nicht aufgelöst werden kann. Dieses deckt sich mit Untersuchungen von Bhattacharya and Medlin (1995).
Betrachtet man allerdings den Stammbaum, der aus Aktinsequenzen zur Untersuchung der Plastidenentwicklung berechnet wurde, so zeigt dieser sehr schön eine monophyletische Gruppierung aller Organismenlinien, die einfache Plastiden enthalten. Auch in diesem Teilbaum trennen sich zuerst die cyanellentragenden Glaucocystophyta von den anderen Organismen mit einfachen Plastiden. Diese anderen Organismen spalten sich dann in solche mit Rhodoplasten (Rotalgen) und solche mit Chloroplasten (Grünalgen und Pflanzen). Grünalgen und Pflanzen bilden auch hier eine monophyletische Gruppe. Dieses Ergebnis unterstützt die in den Untersuchungen an 16S rRNA aus Plastiden gefundenen Ergebnisse, die auf einen monophyletischen Ursprung aller einfachen Plastiden hinweisen.
Das hier gefundene Ergebnis zeigt uns, daß es eventuell möglich ist, die Plastidenentwicklung auf der Ebene der Wirtszellen mit Aktinsequenzen genauer zu untersuchen. Hierfür müssen allerdings weitere Analysen mit Datensätzen durchgeführt werden, die im Bereich der photoautotrophen Wirtsorganismen mit einfachen Plastiden eine höhere Dichte an Organismen aufweisen. Zusätzlich müssen weitere Untersuchungen zur Qualität der gefundenen Abzweigungen angestellt werden, um die Aussagekraft des hier gefundenen Ergebnisses zu beleuchten. Dieses Ergebnis läßt allerdings hoffen, daß mit Aktinsequenzen eine höhere Auflösung als bei 18S rRNA-Sequenzen im Bereich der plastidentragenden Eukaryoten möglich ist.