Die zum Testen von pfastDNAml verwendeten Alignments stammen aus verschiedenen Quellen. Die Datensätze rrna10 und rrna20 sind dem Alignment des Ribosomal Database Projects (RDP, Olsen et al. 1992) entnommen. Der Datensatz rrna28 stammt aus der rRNA-Datenbank in Antwerpen (Van de Peer et al., 1994).