Alle Analysen wurden mit lokalen Rearrangements über einen Ast ausgeführt, während am Ende jeder Analyse globale Rearrangements (G-Option) durchgeführt wurden. Die Basenfrequenzen wurden anhand des eingegebenen Datenmaterials empirisch bestimmt. Als vorgegebene Transition/Transversions-Rate wurde der, schon in dnaml vorgegebene, Standardwert 2,0 verwendet (Felsenstein, 1993). Bei gewichteten Datensätzen wurden als Gewichte für die einzelnen Gewichtskategorien die mit dem Programm MacClade (Maddison and Maddison, 1992) berechneten Gewichte verwendet (siehe Kap. 4.3).