Um bessere Ergebnisse aus vorhandenen Daten erhalten zu können, sollten die vorausgesetzten Annahmen besser an die Situation der zugrunde liegenden Daten angepaßt werden. Hierzu bieten sich verschiedene Wege an. Ein Weg wäre es, die zugrundeliegenden Modelle zu verbessern. In diesem Bereich gibt es Trends, auch unterschiedliche Mutationsgeschwindigkeiten an verschiedenen Sequenzstellen und in verschiedenen Taxa zu modellieren. Dies wird unter Zuhilfenahme von hidden-Markov-Modellen realisiert (Felsenstein, 1993). Zusätzlich gibt es ein Modell, das besonders auf die Eigenschaften von RNA eingeht, Sekundärstrukturen auszubilden. Es werden dabei die Beziehungen von Sequenzbereichen, zwischen denen sich Basenpaarungen ausbilden, besonders berücksichtigt. Hierbei werden nicht nur die üblichen Basenpaarungen zwischen Adenin und Uracil bzw. zwischen Guanin und Cytosin betrachtet, sondern auch die auftretenden Paarungen zwischen Guanin und Uracil (Tillier and Collins, 1995).
Ein anderer Weg wäre, die Gewichtungen der einzelnen Sequenzstellen besser zu berechnen. Auf diesem Gebiet haben Van de Peer et al. (1996) einen interessanten Ansatz durch ,,Substitution Rate Calibration`` aufgezeigt.
Solche Methoden müssten verglichen und auf ihre Anwendbarkeit hin überprüft werden.
Ein anderer Punkt, der in der Zukunft eine wichtige Rolle spielen sollte, ist das Eingrenzen von Artefakten durch fehlerhafte Alignments. Auf diesem Sektor gibt es Bestrebungen, die Alignmentberechnungen mit den Stammbaumrekonstruktionen zu koppeln (Vingron and von Haeseler, 1994).
All diese Vorschläge bieten interessante Ansatzpunkte, phylogenetische Analysen zu verbessern und zu verfeinern.
Auch das Programm pfastDNAml wird in den nächsten Monaten weiterentwickelt werden. Es wird neben der existierenden PARMACS-Implementierung auch eine Portierung nach MPI geben. MPI (Message Passing Interface) ist der aufkommende Standard im Bereich der Parallelisierungssoftware auf message-passing-Basis (Gropp et al., 1994). Da ein festgeschriebener Standard große Vorteile für die Portabilität der damit entwickelten Software bedeutet und es inzwischen stabile frei verfügbare MPI-Implementierungen gibt, kann so dieses Programm einer größeren Anzahl interessierter Anwender einfacher zur Verfügung gestellt werden.
Nach Abschluß der Portierung soll das Programm pfastDNAml im Internet auf dem WorldWideWeb-Server der Abteilung Theoretische Bioinformatik des Deutschen Krebsforschungszentrums (DKFZ) in Heidelberg