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Untersuchungen des Laufzeitverhaltens

Da mir nur die IBM SP2 dauerhaft zu Verfügung stand, wurden dort die Untersuchungen zum Laufzeitverhalten von pfastDNAml durchgeführt.

Hierfür wurden Alignments verschiedenen Umfangs zusammengestellt. Der erste Datensatz (rrna10 ) bestand aus 10 unterschiedlichen Bakteriensequenzen und der zweite (rrna20 ) aus 20 unterschiedliche Eukaryotensequenzen. Die Sequenzen beider Datensätze stammen aus der RDP-Datenbank. Der dritte Datensatz (rrna28 ) enthielt rRNA-Sequenzen von 28 Organismen aus allen drei Überreichen, d.h. Archaebakterien, Eubakterien (mit Mitochondrien und Plastiden) und auch Eukaryoten. Diese Sequenzen wurden der rRNA-Datenbank in Antwerpen entnommen.

Alle Testläufe wurden mit der G-Option durchgeführt, d.h. es wurden am Ende jeder Analyse globale Rearrangements ausgeführt, um den bis dahin gefundenen Baum noch zu optimieren und die Fehler der Heuristik auszugleichen.

Die unterschiedlichen Testdatensätze wurden auf der IBM SP2 mit verschiedener Anzahl von Slave-Prozessen analysiert. Die durchgeführten Berechnungen und deren Ergebnisse waren bei den unterschiedlichen Knotenzahlen identisch, wie die inspizierten Ausgabedateien ergaben. Dies war auch erwartet worden, da nur die Bäume auf eine unterschiedliche Anzahl von Slave-Prozessen zur Berechnung verteilt wurden und der Ablauf sich ansonsten nicht änderte.

Die Laufzeiten der einzelnen Analysen der drei Datensätze und die Anzahl der dabei untersuchten Bäume sind in den Tabellen 5.1, 5.2 und 5.3 dargestellt. Aufgrund der langen Laufzeiten des rrna28 -Datensatzes mit wenigen Slave-Prozessen, wurden mit diesem Datensatz nur Laufzeiten von Konfigurationen mit 32, 16 und einem Slave-Prozeß untersucht.

 
Tabelle:   Laufzeiten des Testdatensatzes 1 (rrna10 ) mit 10 Spezies
Slave-Prozesse Laufzeit Bäume Laufzeit Bäume
  gesamt gesamt glob. Rearr. glob. Rearr.
1 271 s 306 191 s 182
2 139 s 306 96 s 182
4 74 s 306 48 s 182
8 45 s 306 28 s 182
16 32 s 306 18 s 182
24 29 s 306 15 s 182
32 28 s 306 13 s 182


 
Tabelle:   Laufzeiten des Testdatensatzes 2 (rrna20 ) mit 20 Spezies
Slave-Prozesse Laufzeit Bäume Laufzeit Bäume
  gesamt gesamt glob. Rearr. glob. Rearr.
1 3917 s 1890 5559 s 1122
2 2805 s 1890 1958 s 1122
4 1426 s 1890 980 s 1122
8 740 s 1890 490 s 1122
16 409 s 1890 246 s 1122
24 312 s 1890 169 s 1122
32 254 s 1890 126 s 1122


 
Tabelle:   Laufzeiten des Testdatensatzes 3 (rrna28 ) mit 28 Spezies
Slave-Prozesse Laufzeit Bäume Laufzeit Bäume
  gesamt gesamt glob. Rearr. glob. Rearr.
1 106628 s 6212 46954 s 2450
      45651 s 2450
16 7125 s 6212 2946 s 2450
      2864 s 2450
32 3942 s 6212 1484 s 2450
      1446 s 2450


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Heiko Schmidt
7/17/1997