Installation

Für die Installation auf einem UNIX-System von pfastDNAml müssen folgende Voraussetzungen erfüllt sein. Es muß ein ANSI-C-Compiler vorhanden sein. Um die Parallelversion von pfastDNAml nutzen zu können, müssen außerdem die PARMACS-Bibliotheken in Version 6.0 oder später installiert sein. Es ist empfehlenswert, das make-Programm vom GNU-Project (gmake), das im Internet auf vielen FTP-Servern kostenlos erhältlich ist, installiert zu haben, da das mitgelieferte Makefile gmakespezifische Erweiterungen nutzt. Zusätzlich müssen noch die Programme tar und gzip zum Archivieren und Komprimieren von Dateien vorhanden sein.

Man packt die zum pfastDNAml-Paket gehörigen Dateien in einem beliebigen Verzeichnis mit dem Befehl

  gzip -d < PFAST-TAR-ARCHIVE.gz | tar xf -

aus. PFAST-TAR-ARCHIVE entspricht dem Namen der Archivdatei, die das pfastDNAml-Paket enthält.

Anschließend sollte die Umgebungsvariable PFAST_HOME auf das neuentstandene Verzeichnis gesetzt werden. Dies sollte auch in der entsprechenden Initialisierungsdatei (z.B. .cshrc oder .profile) geschehen, um diesen Schritt nicht immer von Hand wiederholen zu müssen.

Danach wechselt man in das Verzeichnis ${PFAST_HOME}/src. Hier befinden sich die Quellcodedateien und das Makefile. Das Makefile muß nach dem Compilieren an die benutzte Plattform durch Editieren angepaßt werden:

Version

Soll eine sequentielle Version entstehen, wird VERSION auf SEQUENTIAL gesetzt, für die Parallelversion auf PMSINGLE.

Compiler

Die Variable wird auf den zu benutzenden C-Compiler eingestellt. Für die bisher benutzten Plattformen sind Vorschläge angegeben.

Plattform/Resource

Es muß angegeben werden, welche Plattform und Resource benutzt werden soll. Für weitere Informationen sollten die mit PARMACS gelieferten Unterlagen zum System konsultiert werden.

Pfade

Zum Compilieren müssen die Pfade, an denen die PARMACS-Bibliotheken zu finden sind, sowie die zu benutzende PARMACS-Bibliothek (pm6, pm6_v oder pm6_t) gesetzt werden. Diese hängen von der PARMACS-Installation ab.

PARMACS Version 6.0

Wird diese Version benutzt, darf die Zeile

  PM_SPECIAL_OBJS   = pm_reqnodes.o

nicht auskommentiert sein.

Nachdem das Makefile an die zugrundeliegende Plattform angepaßt wurde, kann mit dem Befehl gmake, oder wie das GNU-make-Programm auf der benutzten Plattform heißt, compiliert werden. Das so entstandene ausführbare Programm wird nun noch in das Heimatverzeichnis von pfastDNAml geschoben.

Anschließend können die in ${PFAST_HOME}/scripts befindlichen Skripten zum Aufrufen des Programms dienen. Teilweise müssen diese noch an die zugrundeliegende Plattform angepaßt werden. Es ist daher unerläßlich, sich mit dem zu benutzenden System vertraut zu machen.