Analyse mit ungewichtetem Datensatz

 

Abbildung:   Phylogenetischer Stammbaum der Plastidenentwicklung; berechnet aus 16S rRNA-Sequenzen (Datensatz plast1 ) mittels pfastDNAml; nur Bootstrap-Werte über $60\%$ wurden in den Baum an den entsprechenden Kanten eingefügt

Der Datensatz plast1 bestand aus einem Alignment aus 36 Spezies und 1429 Basen Länge. Hiervon wurden von pfastDNAml 758 unterschiedliche Spalten verwendet.

Die empirisch berechneten Basenfrequenzen lagen bei 0,268 (A), 0,220 (C), 0,302 (G) und 0,210 (T). Aus der Transition/Transversions-Rate und den Basenfrequenzen wurde 1.456 als Transversion/Transitions-Parameter berechnet.

Im Laufe der Analyse wurden drei globale Rearrangements ausgeführt. D.h. zwei Rearrangements führten zu einem Baum mit einem besserem Likelihood-Wert.

Der gefundene Baum (Abb. 6.5) hatte einen Log-Likelihood-Wert von -18396,51. Insgesamt wurden während der Analyse 15532 Bäume analysiert.

Anschließend wurde eine Bootstrap-Analyse zu diesem Baum durchgeführt. Hierzu wurden aus dem Originaldatensatz 100 unabhängige Pseudostichproben gezogen und aus den 100 erhaltenen Bäumen ein Konsensusbaum erstellt. Die Bootstrap-Werte, die größer $60\%$ waren, wurden in den Baum in Abb. 6.5 eingefügt.