Praktikum Bioinformatik (050019 PR, WB.II.PRK.PR.PR)

Veranstalter: Heiko Schmidt, Ingo Ebersberger, Arndt von Haeseler

Kontakt: Heiko Schmidt (Rückfragen bitte an: heiko.schmidt@univie.ac.at)

Generelle Infos: online Vorlesungsverzeichnis

Credits: 6,0 ECTS credits

Vorbesprechung am 11.03.2010 um 10.00 

Details: Im Rahmen dieser prüfungsimmanenten soll im Rahmen eines Projekts eine aktuelle Fragestellung aus der Bioinformatik gemeinschaftlich umgesetzt, implementiert und auf biologische/bioinformatische Daten angewandt werden werden. Zum Abstimmen, Testen und Besprechen von Zwischenergebnissen und Problemen finden wöchendliche Treffen statt.

Bewertung: Im Rahmen des Praktikums soll ein Softwareprojekt erstellt werden. Zusätzlich muss dieses Projekt bzw. dessen Einzelteile dokumentiert und am Ende des Praktikums mündlich präsentiert werden. Alle drei Teile, d.h. Umsetzung/Implementierung, Dokumentation und Präsentation gehen in die Bewertung ein.

Ort: Falls nicht anders angegeben. EDV-Raum Strukturchemie, Raum 1113, Ebene 1, Campus Vienna Biocenter 5 (VBC5), 1030 Wien.

Ablauf:
- 11.03.2010, 10:00: Vorbesprechung
- 18.03.2010, 10:00: Einführung, Überblick
- 25.03.2010, 10:00: wöchendliches Treffen
- 01.04.2010, 10:00: Osterferien
- 08.04.2010, 10:00: Osterferien
- 15.04.2010, 10:00: wöchendliches Treffen
- 22.04.2010, 10:00: wöchendliches Treffen (Seminarraum, 2.Stock, MFPL, Dr. Bohr-Gasse 9, 1030 Wien)
- 29.04.2010, 10:30: wöchendliches Treffen (Seminarraum 3, 6.Stock, MFPL, Dr. Bohr-Gasse 9, 1030 Wien)
- 06.05.2010, 10:30: wöchendliches Treffen
- 13.05.2010, 10:30: Christi Himmelfahrt
- 20.05.2010, 10:30: wöchendliches Treffen
- 27.05.2010, 11:00: wöchendliches Treffen
- 03.06.2010, 11:00: Fronleichnam
- 10.06.2010, 11:00: wöchendliches Treffen
- 17.06.2010, 11:00: wöchendliches Treffen
- 24.06.2010, 11:00: Präsentation (EDV-Schulungsraum, 6.Stock, MFPL, Dr. Bohr-Gasse 9, 1030 Wien)
- 01.07.2010, 11:00: wöchendliches Treffen
- 08.07.2010, 11:00: wöchendliches Treffen (möglicher Zusatztermin)
- 15.07.2010, 11:00: Präsentation
 

Material: (password wird in der Veranstaltung bekannt gegeben)

• PDF-Diagramm (xfig source) des geplanten workflows mit Legende. Erweiterte/korrigiert Notizen zu Praktikum.
• Perl:
  - einige einführende Dokumente finden Sie hier
  - weitere frei verfügbaren Texte zu Perl sind bei perl.org und perltraining.com.au
  - die Dokumentation der vielen BioPerl-Erweiterungen finden sich auf der BioPerl homepage.
• File formate:
  Tree-Formate, Alignment-Formate, NEXUS-Format, alignment convertierung mit readseq
• CIBIV Cluster und Workflow-Management:
  - Um Workflows oder Jobs mit Anhängigkeiten auf Clustern und Grids zu implementieren kann man z.B. Array-Jobs in Sun Grid Engine (SGE, Using Guide) oder DAGman in Condor (Manual) benutzen (z.Zt. ist nur SGE am Cluster installiert).
  - Wichtige SGE-Befehle sind qsub, qstat und qdel. Hier steht auch ein Wrapper submit2sge zum submitten einfacher Jobs zur Verfügung, dass den im Hingrund ausgeführten qsub-Befehl ausgibt.
  - Auf Informationen zum Cluster kann aus dem UniVie-Netz unter clusterdoc.cibiv.univie.ac.at/cluster-twiki mit dem CIBIV-Account zugegriffen werden. Um von ausserhalb darauf zuzugreifen, muss man sich über das VPN der Uni Wien anmelden.