GBI Grundlagen der Bioinformatik - Ausprägungsfach Bioinformatik (WS 2016/2017)

Allgemeine Informationen:

• Code: 050060 VU
• Semester: 3. Semester
• Umfang: 4 SWS, 6 ECTS
• Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
• Lehrende: Heiko Schmidt, Arndt von Haeseler
• Kontakt: Heiko Schmidt
• Vorbesprechung: keine
• Zeit: 14:30 - 18:00 Uhr
• Ort: 
  • 06.10.2016 - 19.01.2017: Seminarraum Strukturchemie, Ebene 1, Campus Vienna Biocenter 5 (VBC5), 1030 Wien
  • 26.01.2017: Seminarraum 1/2, 6. Stock, Dr. Bohrgasse 9 (MFPL), 1030 Wien
• Abschlusstest: 26.01.2017, Ort:  Seminarraum 1/2, 6. Stock, Dr. Bohrgasse 9 (MFPL), 1030 Wien
• Generelle Infos: online Vorlesungsverzeichnis
• Beurteilung: Die Beurteilung dieser prüfungsimmanenten Veranstaltung setzt sich aus den folgenden Leistungsnachweisen zusammen:
  Am Tag jeder Vorlesung sind gelöste Übungsaufgaben abzugeben. Zusätzlich wird es eine Programmier-Übungsaufgabe geben. Für die Übungsaufgaben werden Punkte vergeben. Jeder Student muß in den Übungsgruppen Lösungen vorrechnen/präsentieren. Am Ende des Semesters findet ein Abschlusstest über den Stoff des Semesters statt. Die Punkte aus dem Abschlusstest und die Summe der Punkte aus den Übungsaufgaben werden gewichtet. Zum Bestehen der Veranstaltung sind 50% der erreichbaren gewichteten Punkte nötig, sowie die Beteiligung in den Übungsgruppen durch Vorrechnen/Präsentieren von Übungsergebnissen. Aus der erreichten gewichteten Gesamtpunktzahl wird die Note ermittelt.

Voraussichtlicher Ablauf: 

Vortragende: HAS= Heiko Schmidt, AvH = Arndt von Haeseler 

• 06.10.: 01. bio primer + exact matching 1 (slides, exercise) - Ort: VBC5
• 13.10.: 02. exact matching 2 + pairwise alignment 1 (slides, exercise) - Ort: VBC5
• 20.10.: 03. pairwise alignment 2 + MSA 1 (slides, exercise, leonard2006.cpbi.pdf) - Ort: VBC5
• 27.10.: 04. MSA 2 + DB Searching 1 (slides, exercise) - Ort: VBC5
• 03.11.: 05. DB Searching 2 (slides, exercise, 1sequence.fasta) - Ort: VBC5
  
• 10.11.: 06. Probability Primer + HMMs (slides, exercise, testu.fasta, wheeler2014.bmc-bioinformatics.pdf) - Ort: VBC5
  
• 17.11.: 07. RNA Structures (slides, exercise, RNA-energies.pdf) - Ort: VBC5
• 24.11.: 08. Protein Structure + Phylo 1 (slides, exercise, structure.fasta, page2002c.cpbi.pdf) - Ort: VBC5
• 01.12.: 09. Phylo 2 (slides, exercise) - Ort: VBC5
• 01.12.: XX. Programming Exercise (exercise, example files: patternfile.txt, automaton.txt, sequence.txt, hits.txt) - corrected
• 08.12.: Feiertag
• 15.12.: 10. Sequencing 1 + NGS 1 (slides1, slides2, exercise, glenn2011.mol-ecol-res.pdf) - Ort: VBC5
• 12.01.: 11. Sequencing 2 + NGS 2 + Genome Analysis 1 (slides1, slides2, slides3, exercise) - Ort: VBC5
• 19.01.: 12. Genome Analysis 2 + GO (slides1, slides2, exercise, genomic2kb.fasta, cline2009.nat-biotechnol.pdf) - Ort: VBC5
• 26.01.: last exercise, followed by final test/Abschlusstest - Seminarraum 1/2, 6. Stock, Dr. Bohrgasse 9 (MFPL), 1030 Wien

Übungsaufgaben:

 s.o.

(Password wird in der Vorlesung bekanntgegeben)