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Center for Integrative Bioinformatics Vienna
Max F. Perutz Laboratories
Dr. Bohr Gasse 9
A-1030 Vienna, Austria

Bioinformatik für Biologen (VO 300080, SoSe 2017)

 

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Allgemeine Informationen:

  • Rückfragen bitte an - Inquiries to: Heiko Schmidt (heiko.schmidt@univie.ac.at)
  • Lecture content: The lecture aims at giving a broad overview about bioinformatics methods and applications from the areas of exact string matching,  pairwise sequence alignment algorithms, multiple sequence alignment methods, sequence database searching, a short primer about probability on sequences, hidden Markov models (HMMs), molecular structures, phylogeny, high throughput sequencing methods, genome assembly, read mapping, and genome analysis.
  • Vorlesungsstoff: Die Vorlesung gibt einen breiten Ueberblick ueber Methoden und Anwendungen aus den Bioinformatik Bereichen exaktes String-Matching, paarweises Sequenzalignment, multiples Sequenzalignment, Sequenzdatenbanksuche, Wahrscheinlichkeiten auf Sequenzen, hidden Markov Modelle (HMMs), molekulare Strukturen, Phylogenie, Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren, Genomassemblierung, Read-Mapping und Genomanalyse.
  • Homework: There two types of homework: complementary homework and 4 compulsory assignments. The complementary homework is aiming at deepening and help comprehension of the lecture contents and as preparation for the tests. The complementary homework are neither collected nor graded. The 4 compulsory assignments are released out at four timepoints during the semester. The solutions have to be submitted before the deadline listed in the assignments sheet.
  • Hausübungen: Es gibt 2 Arten von Hausübungen: ergänzende Hausübungen und 4 verpflichtende Aufgabenzettel. Die ergänzenden Hausübungen sind gedacht als Vertiefung und zum Verständnis der Vorlesungsinhalte und als Vorbereitung für die Tests. Die ergänzenden Hausübungen werden allerdings weder eingesammelt noch bewertet. Die 4 verpflichtende Aufgabenzettel werden zu 4 Zeitpunkten ueber das Semester ausgegeben. Die Lösungen zu diesen Aufgabenzetteln müssen bis zu der darauf angegeben Deadline eingereicht werden.
  • Content for the tests/assignments: Relevant for the exam is the content of the lecture as well as the homework.
  • Stoff der Tests/Aufgabenzettel: Prüfungsrelevant ist der Stoff der Vorlesung und der Hausübungen.
  • Grading: each of the tests count 30%, each of the assignments 10%. To pass one has to gain at least 50% of the possible weighted points. The grade is determined by the actually obtained ammount of (weighted) points.
  • Bewertung: jeder der beiden Tests bringt 30%, jeder der 4 Aufgabenzettel 10%. Zum bestehen benötig man mindestens 50% der erreichbaren gewichteten Punktzahl. Die Note ergibt sich aus der erreichten (gewichtete) Punktzahl.
  • Einsichtnahme: Terminvereinbarung per E-Mail - Inpection: Appointments by E-Mail

Voraussichtlicher Ablauf:

 

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  • 02.03.2017: lecture 1 - Bio Recap + Pseudocode + Exact Matching (handout, homework, pseudocode-conventions-in-the-lecture.pdf)
  • 09.03.2017: lecture 2 - Exact Matching + Pairwise Alignment (handout, homework)
  • 16.03.2017: lecture 3 - NN (handout, homework, assignment 1)
  • 23.03.2017: lecture 4 + exercise 1 - NN (handout, homework)
  • 30.03.2017: lecture 5 - NN (handout, homework)
  • 06.04.2017: lecture 6 + questions 1 - NN (handout, homework, assignment 2)
  • 13.04.2017: Osterferien
  • 20.04.2017: Osterferien
  • 27.04.2017: Test 1 + exercise 2 / NN (handout, homework)
  • 04.05.2017: lecture 7 - NN (handout, homework)
  • 11.05.2017: lecture 8 - NN (handout, homework)
  • 18.05.2017: lecture 9 - NN (handout, homework, assignment 3)
  • 25.05.2017: Christi Himmelfahrt
  • 01.06.2017: lecture 10 + exercise 3 - NN (handout, homework)
  • 08.06.2017: lecture 11 - NN (handout, homework)
  • 15.06.2017: Fronleichnam
  • 22.06.2017: lecture 12 + questions 2 - NN (handout, homework, assignment 4)
  • 29.06.2017: Test 2 + exercise 4

 

Übungsaufgaben:

 siehe oben

 

(Password wird in der Vorlesung bekanntgegeben)


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