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#                                                                              #
# NGM Config Example                                                           #
#                                                                              # 
# Lines starting with "#" are comments and thus ignored                        #
#                                                                              #
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# General                                                                      #
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ref = ./chr1.fa
qry = ./read_chr1.fa
#pqry = ../reads/1_2_trimmed.fq	# 2nd query file for paired reads
output = ./read_chr1.fa_results.sam	# add %s to insert a data/timestamp

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# Input Data Conversion                                                        #
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# Sequence
paired = 0		# paired read mode -> use pqry to specify input
dualstrand = 1		# set to 1 to enable search on + and - strand

################################################################################
# Input Data Selection                                                         #
################################################################################
ref_mode = -1		# -1 = all refs, 0...n = single ref

qry_start = 0		# start at this read
qry_count = -1		# up to this read. set to -1 to iterate over all reads

################################################################################
# Execution config                                                             #
################################################################################
master_cpu = -1
cs_threads = 5  # the array defines which cpus each thread should run on
#cs_threads = 4 { 1 2 3 4 }
cs_batchsize = 1000	# default: 1000

sw_threads = 2 		# sw configuration: the array defines the gpus to use

alignment_threads = 1 { 0 }                        # in each thread
alignment_dll = /software/ngm/ngm/mason/libMASonCUDA.so #/software/ngm/bin-linux/libOcl.so

block_multiplier = 2
step_count = 8

################################################################################
# Logging                                                                      #
################################################################################
log = 0				# use logfile param to specify a filename
				# if no other filename is given, "./ngm_%s.log"
                                # is used
logfile =./ngm.log	# use %s to insert a timestamp into the filename
stderr = 1	# not yet implemented: print errors to stderr rather then stdout

################################################################################
# Candidate search                                                             #
################################################################################
cs_cache = 1
cs_prefixsize = 12		# Prefix length in bases for CS
cs_threshhold = 2		# Amount of Prefixes that have to be found at a
                                # specific location
cs_prefixskip = 1
cs_maxRefsPerEntry = 2		# Allocation chunk size for the reference table
cs_searchTableLen = 23333       # Hashtable size for candidate search
#cs_searchTableLen = 99991
# Should be a prime number. Set to 0 to always use dynamic allocation (slow).
# Higher numbers mean less collisions/overflows, gaining performance
# Too high values will degrade performance

################################################################################
# Alignment                                                                    #
################################################################################
corridor = 20
score_match = 4
score_mismatch = -2
score_gap_read = -10
score_gap_ref = -10
score_match_TT = 4
score_mismatch_TC = 4
overwright = 1

sw_mode = 0		# 0..local alignment
cs_enableBS = 1
outputformat = 0   #0. ngm 1: sam

report_offset = 1
partition_size = 3000000

tmp_dir = /scratch/CUDA/huy/simulation_Feb2012/biss_new
################################################################################
# Arrays can be defined with "n {...}", n being the number of elements
# in the array. The opening bracked HAS to be on the same line as the 
# defining name
example_array_or_matrix = 16 {
 1  2  3  4
 5  6  7  8
 9 10 11 12
13 14 15 22
}